Altari della navata
Il Concilio di Trento prescrisse la
costruzioni di altari laterali nelle navate delle chiese, perchè
fossero dedicati a santi o alla Vergine; in questo modo il fedele era
accompagnato nel suo cammino verso l'altare maggiore, cioè Cristo, da
figure esemplari di vita cristiana. San Luca, edificata secondo queste regole, presenta sei altari laterali, tre per ogni lato.
Altare di sant'Agata

Presenta la santa curata da San Pietro; l'altare fu concesso al paratico dei tessitori fin dal 1610 per le devozioni della corporazione.
Altare del Crocifisso
Fu realizzato nel 1753 con una ricca
decorazione a stucco per celebrare il pellegrinaggio di trentotto
confratelli a Roma in occasione del Giubileo. Nella nicchia campeggia
il crocefisso ligneo che i pellegrini portarono con sè; accanto ad esso
sono poste due statue in gesso e stoffa di san Giovanni e della
Madonna. La nicchia è illuminata dalla luce naturale grazie ad una
finestra nascosta dietro la decorazione delle nuvole. L'altare del crocefisso è riccamente decorato con stucchi che riproducono elementi floreali; esso si discosta dalla decorazione delle altre cappelle perchè richiama il gusto del XVIII secolo.
Altare di san Gaetano

Le decorazioni fanno da cornice alla statua di San Gaetano da Thiene, ma l'altare porta sul frontone la statua di San Pio I a cui era dedicata in precedenza la cappella.
Altare di san Filippo Neri

Il primo altare a destra è dedicato al fondatore dell'Arciconfraternita della Santissima Trinità dei pellegrini e dei convalescenti. La pala è decorata con un dipinto della Madonna con San Filippo.
Altare della Vergine

L'altare è l'unico altare senza le colonne tortili, infatti due colonne lisce reggono un riquadro raffigurante la visitazione, festa celebrata con devozione dalle consorelle. Al centro domina la statua della Vergine col bambino.
Altare di san Raffaele
Un tempo ospitava una reliquia di san Luca, infatti la statua
dell'evangelista domina l'altare. Successivamente l'altare fu dedicato
a san Raffaele, dopo che la chiesa ebbe accolto l'attuale pala,
proveniente dalla chiesa di san Giovanni in Borgo, distrutta nel
1819. Una pala d'altare rappresentante la sepoltura di San Luca era esposta presso l'altare di San Raffaele; tale dipinto copriva la teca in cui era conservata la reliquia dell'evangelista.

